L’état de la biodiversité terrestre
Depuis la colonisation, la biodiversité terrestre de l'archipel guadeloupéen a été mise à mal.
Dans toutes les îles, des formations dégradées, savanes herbacées et fourrés épineux ont progressivement remplacé les différents écosystèmes forestiers après l'abandon des activités agricoles pour certains. Pour d'autres, l'urbanisation ou l'agriculture ont perturbé significativement leur bon fonctionnement. Les milieux ont été très fragilisés tant par les pressions humaines que par les catastrophes naturelles.
Chaque formation végétale présente différents stades d'altération, avec leurs cortèges floristiques caractéristiques. Les formations secondaires sont fréquentes. C'est ainsi que la forêt semi-décidue originelle et la forêt sempervirente saisonnière (type de forêts toujours vertes) ne subsistent plus qu'à l'état de lambeaux ou d'îlots plus ou moins secondarisés.
La forêt ombrophile est elle-même soumise à un « mitage » qui s'accentue de façon inquiétante avec une augmentation des espèces banales et peu structurantes. Ces dégradations entraînent la perte d'espèces rares, dépendantes des formations climatiques et subclimatiques et présentant une forte valeur écologique et patrimoniale.
Ainsi, plusieurs espèces animales et végétales ont disparu dont certaines endémiques strictes, ce qui représente une perte définitive pour la biodiversité mondiale.
3 oiseaux, 1 reptile et 1 mollusque terrestres sont éteints. 27 plantes, 5 mammifères, 1 oiseau, 2 reptiles et 1 mollusque terrestres sont inscrits comme menacés.
Tableau indicateur de la flore et la faune
| La flore | Valeur | Année | La faune | Valeur | Année |
|---|---|---|---|---|---|
| Surface boisée totale recensée (ha) | 64.467 | 2002 | Nbre d'espèces de mammifères | 20 | 2005 |
| Zone agricole (ha) | 45.955 | 2005 | Nbre d'espèces d'oiseaux | 148 | 2005 |
| Zone humide (ha) | 9.340 | 2005 | Nbre d'espèces amphibiens | 6 | 2005 |
| Habitats xérophiles (ha) | 42.342 | 2005 | Nbre d'espèces de reptiles | 34 | 2005 |
| Forêt mésophile (ha) | 15.441 | 2005 | Nbre d'espèces de poissons d'eau douce | 19 | 2005 |
| Forêt hygrophile (ha) | 41.955 | 2005 | |||
Nombre d'espèces végétales non revues dans la région depuis 1950 | 20 | 2004 |
Source : Diren
L’état de la biodiversité marine
Les écosystèmes marins subissent également de nombreuses dégradations et perturbations.
Les récifs coralliens sont présents sur toutes les îles. Les mangroves couvrent 3.000 ha. Les prairies marines (6.700 ha) où l'on trouve principalement l'herbe à tortues marines (Thalassia testudinum) se situent dans des zones abritées.
260 espèces sont connues. 109 espèces ont été recensées dans le Grand Cul-de-sac Marin. 3 espèces de tortues marines pondent encore sur certaines plages de Guadeloupe et ses dépendances. 17 espèces de cétacés ont actuellement été recensées dans les eaux guadeloupéennes. D'autres, plus communes, sont présentes toute l'année (certains dauphins, Globicephala macrorhynchus) ou en migration hivernale pour la reproduction et la mise bas.
De nombreuses espèces sont protégées
De nombreuses espèces végétales et animales sont maintenant protégées par arrêtés ministériels.
Quelques espèces végétales parmi les plus menacées et les plus rares ont aussi été transplantées au Conservatoire botanique de Brest.
Tableau indicateur du patrimoine naturel protégé en 2005
| Espaces et espèces protégés | Valeur |
| Total surface ZNIEFF | 19.258 ha |
| Surface classée en ZNIEFF/surface départementale | 11,5% |
| Surface protégée par un site RAMSAR | 24.145 ha |
| Superficie classée en réserve de biosphère | 73.207 ha |
| Nombre d'Arrêtés de protection de biotope | 11 |
| Surface des sites inscrits et classés | 3.178 ha |
| Surface du Parc national de Guadeloupe zone centrale | 17.300 ha |
| Surface classée en Réserve naturelle | 8.956 ha |
| Nombre de mammifères protégés | 12 |
| Nombre d'oiseaux protégés | 104 |
| Nombre d'amphibiens protégés | 4 |
| Nombre de reptiles protégés | 18 |
| Nombre d'insectes protégés | 1 |
| Nombre d'espèces végétales protégées | 36 |
Source : Diren