Les milieux boisés
Les forêts mésophiles et hygrophiles recouvrent majoritairement les reliefs de la Basse-Terre. Elles se développent à partir de 250 m d'altitude en Côte-sous-le-vent et à partir du niveau de la mer en Côte-au-vent. On y trouve aussi des formations d'altitude situées généralement au-dessus de 900m.
La forêt xérophile ou forêt sèche se trouve principalement en Grande-Terre mais aussi en Côte-sous-le vent. Elle constitue l'essentiel des formations boisées des îles du Sud. Sa flore actuelle est marquée par l'impact des activités humaines et du défrichement : beaucoup d'espèces pionnières et raréfaction d'autres d'espèces. Ces forêts ont été les premiers milieux défrichés lors de la colonisation et il ne subsiste actuellement aucune forêt xérophile primaire en Guadeloupe.
La forêt marécageuse de Guadeloupe, formation largement dominée par le Mangle médaillé (Pterocarpus officinale) est une des plus grandes forêts de ce type dans la Caraïbe. Avec la mangrove et les prairies pâturées, elle compose les forêts humides littorales principalement réparties le long du Grand Cul-de-sac Marin et à Marie-Galante. La mangrove est une formation boisée pauvre en espèces végétales mais représente une véritable nurserie pour de nombreux animaux. Elle est fortement influencée par la présence d'eau salée.
Les milieux ouverts
Les milieux ouverts se définissent essentiellement par opposition au milieu boisé où les arbres procurent un micro climat déterminant pour une grande partie de la faune.
Ils se composent des milieux directement façonnés par l'homme (anthropisés) et des zones humides liées à la présence de la mer. Les surfaces agricoles et les mares très présentes en zones sèches calcaires représentent avec les territoires urbanisés les milieux anthropisés.
Dans la catégorie des zones humides, on trouve les salines (étang saumâtre ou salé), les zones déboisées de la mangrove, les marais d'arrière de la mangrove, les plages et les falaises.
Le milieu aquatique
Le milieu aquatique est composé des cours d'eau du massif montagneux de Basse-Terre, des quelques rivières ou ravines de Grande-Terre ainsi que des milieux marins littoraux.
Les cours d'eau de Grande-Terre ont un débit très variable selon la saison alors que la Basse-Terre déverse des torrents d'eau fraîche et bien oxygénée.
Trois grands types d'écosystèmes se rencontrent dans les milieux marins littoraux : les herbiers de phanérogames marines, les mangroves et les formations coralliennes.
Sources : Orientations régionales de gestion de la faune et des habitats (ORGFH de la Guadeloupe)